Если у Вас троян спер пароль от ФТП и повесил туда свой вредоносный код то есть как минимум три решения:
1) Запросить бекапы, но бекапы бывают не свежими...
2) Сидеть и вручную перебирать все файлы и удалять трояна
3) Поюзать данный скрипт
 
ВНИМАНИЕ
Перед запуском почитай данную страницу до конца + сделай резервную копию на всякий случай.
 
Первый запуск:
Выбираем свою версию ПХП и пишем в $phpve
Пишем свою регулярку в переменную $search
Если индексный файл не заражен то меняем на свой файл file_get_contents('index.php')
Запускаем, если на выходе получаем код без трояна знач все ок, если с, то знач регулярка не та..., если все ок то комментируем /** DEBUG */ код и стартуем скрипт
 
Что делает скрипт:
1) Смотрит Вашу регулярку для поиска трояна.
ВНИМАНИЕ для каждого трояна своя регулярка, как написать регулярку под свой троян можно узнать задав вопрос в данной теме форума для этого приведете код своего трояна в сообщении и я постараюсь отписать регулярку, или если Вы знаете ПХП то можете написать сами...
 
2) Скрипт ищет указанные в массиве $types расширения файлов и просматривает их код, если находит трояна то удаляет участок кода с троянчегом.
 
Тестил на ПХП4, ПХП 5
На пхп 4 плохо что скрипт будет перезаписывать каждый файл  т.к. preg_replace 5.1.0 Added the count parameter
 
Противопоказания
Кривые руки
Сервер который не работает от имени юзера что и сам ФТП (чет типа mirohos*.net) тобиш у скрипта не хватит прав на запись файлов
 
Скрипт предоставляется как есть.
 
Если скрипт Вам помог и Вам не жалко пару ВМЗ то милости просим
Z573945271249
U373400155145